1875年(明治8年)に名古屋鎮台が城内に置かれることになり、亀尾天王社とともに旧藩校の明倫堂跡地だった現在地に遷座し県社に昇格した。
明治以後、藩祖徳川義直公、慶勝公を合祀したが、1924年(大正13年)義直・慶勝の御霊を新しく創建した尾陽神社に遷したため、現在のご祭神は家康公である。
国宝に指定されていた本殿をはじめ主要建造物は、太平洋戦争末期の1945年(昭和20年)5月14日の名古屋大空襲により全て焼失してしまった。
現在の社殿は1953年(昭和28年)建中寺から義直の正室春姫(高原院)の御霊屋を移築して本殿としている。
本殿、唐門、透塀が愛知県の有形文化財に指定されている。